Το Αγκίστρι έχει εκπληκτική ιστορία που ξεκινάει απο τα αρχαία χρόνια του Ομήρου, συνεχίζει στη νεότερη ιστορία της Ελλάδας και φτάνει ως τις μέρες μας.
Το Αγκίστρι έχει εκπληκτική ιστορία που ξεκινάει απο τα αρχαία χρόνια του Ομήρου.. Το Αγκίστρι μαζί με την Αίγινα και τα γύρω νησιά αποτέλεσαν το Βασίλειο της Αίγινας του μυθικού Βασιλιά Αιακού. Κατά τον Όμηρο το Αγκίστρι είχε την ονομασία Κεκρυφάλεια, που σημαίνει «στολισμένη κεφαλή» και εμφανίζεται σαν σύμμαχος της Αίγινας στον Τρωικό Πόλεμο. Άλλοι ιστορικοί που αναφέρουν το νησί είναι ο Θουκυδίδης και ο Διόδωρος. Αρχαιολογικό ενδιαφέρον παρουσιάζουν η Απόνησος, η Μεγαρίτισσα και το Κοντάρι. Σε όλη την δυτική ακτή του νησιού Αγκίστρι υπάρχουν, λίγο πιο κάτω από την επιφάνεια της θάλασσας, βυθισμένες αρχαιότητες.
Είναι γνωστό ότι το Αγκίστρι αποτέλεσε τμήμα της οθωμανικής αυτοκρατορίας και κατά τον 14ο αιώνα το κατοίκησαν Αρβανίτες. Όμως στους αιώνες που ακολούθησαν οι συχνές πειρατικές επιδρομές έκαναν τους κατοίκους να το εγκαταλείψουν. Για το Αγκίστρι ξεκινάει καινούργια περίοδος μετά την ελληνική επανάσταση του 1821 και το 1835 είναι επίσημα αναγνωρισμένη κοινότητα του νεοσύστατου ελληνικού κράτους. Σημαντικοί σταθμοί στην ιστορία του νησιού Αγκίστρι είναι η απευθείας ακτοπλοϊκή σύνδεση με τον Πειραιά το 1960 και η ηλεκτροδότηση του το 1973.
Επίσης στο Αγκίστρι υπάρχουν διάφορα αρχαιολογικά ευρήματα και στο Μεγαλοχώρι, στο Πνευματικό κέντρο του νησιού. Τα ευρήματα αυτά φανερώνουν ότι το νησί πρωτοκατοικήθηκε τουλάχιστον από τον 5ο π.Χ. αιώνα, από Πελοποννήσιους που ήρθαν στο νησί. Μάλιστα στην νεότερη ιστορία του το Αγκίστρι δέχτηκε πολλούς αποίκους από τις απέναντι ακτές της Πελοποννήσου, κυρίως Αρβανίτες.